リモートでJupyter Notebookをつかう

大学のサーバでどうしてもJupyter Notebookが動かしたいのでメモ。

経緯

データをSQLiteで管理しており,これのサイズが10Gを超え始めた。計算などは大学のサーバで行なっているのであるが,RやJupyterなどビジュアルなツールを使いたい時にはいちいちローカルのPCへSQLiteをコピーするのが大変。

以前Xサーバを使ったリモートでの起動を試したが,どうも使いづらい。
Macからだと,XQuartzをあらかじめMacにインストールしておき,
以下のSSHコマンドで接続し,

[mac] $ ssh -Y remotehost

Jupyterを起動するだけ。

[server] $ jupyter notebook

これで,リモートサーバでFirefoxが立ち上がり,MacのXQuartzで表示される。
しかしこれがいかんせん使いづらい。遅いし,サーバ側のFirefoxなので見た目も悪く,日本語入力も一苦労。

設定

Jupyter

まずはここを参考に設定する。

$ jupyter notebook --generate-config

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyを編集。ポートが8080が空いている場合には以下のように指定する。

c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.port = 8080

R

Rも使いたいので,ここを参考にRを起動してインストール。

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()  

起動

$ jupyter notebook

[I 17:43:07.065 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /tmp
[I 17:43:07.066 NotebookApp] 0 active kernels
[I 17:43:07.066 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
[I 17:43:07.066 NotebookApp] http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

起動時に現れるこれから,

http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

以下のようにPCのブラウザのアドレスバーに打ち込めばOK

http://server:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx