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R.3.4.3にmxnetをインストール

mxnetのインストールがエラーになるのでその対処方法

環境

mxnetを使用する際に,インストール方法が公式サイトにも書いているのですが,
その方法ではインストール時にエラーが出ます。使っている環境がMacだからなのかもしれませんが。。

  • OS:MacOS 10.13.3
  • R 3.4.3 brewでインストールしたもの

この環境で下記コマンドでインストール

どうやらVersionがあっていないようでインストールできないようです。
ググっていろいろなやり方を試したのですがダメ。

対処方法

ここここの方法でようやくインストールできました。

opencv

まずOpenCVをインストール

openblas

OpenBlasも入れます

mxnet

最後にソースコードからダウンロードしてインストールします

確認

これでインストールが終わっています

これで使えそうです。多分。

リモートでJupyter Notebookをつかう

大学のサーバでどうしてもJupyter Notebookが動かしたいのでメモ。

経緯

データをSQLiteで管理しており,これのサイズが10Gを超え始めた。計算などは大学のサーバで行なっているのであるが,RやJupyterなどビジュアルなツールを使いたい時にはいちいちローカルのPCへSQLiteをコピーするのが大変。

以前Xサーバを使ったリモートでの起動を試したが,どうも使いづらい。
Macからだと,XQuartzをあらかじめMacにインストールしておき,
以下のSSHコマンドで接続し,

Jupyterを起動するだけ。

これで,リモートサーバでFirefoxが立ち上がり,MacのXQuartzで表示される。
しかしこれがいかんせん使いづらい。遅いし,サーバ側のFirefoxなので見た目も悪く,日本語入力も一苦労。

設定

Jupyter

まずはここを参考に設定する。

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyを編集。ポートが8080が空いている場合には以下のように指定する。

R

Rも使いたいので,ここを参考にRを起動してインストール。

起動

起動時に現れるこれから,
以下のようにPCのブラウザのアドレスバーに打ち込めばOK

gcc6でRMecabのインストールはエラー

大学のサーバのGCCが6.2だったのでメモ。

RMeCabのインストール

エラーになる。

GCC6だとエラーになるので、GCC5台にしないと駄目です。

因みにソースコードはinstall.packageのときにオプションを付けると消されないでローカルファイルに残ります。

Rをソースコードからインストール

スーパーユーザ権限のないサーバにソースコードからインストールしてみたのでそのメモ

大学のサーバなど勝手になんでもインストールできない環境ではローカルのユーザ環境に色々とインストールしないといけません。今回はRをインストールしてみました

Rの取得

cranからRのソースコードをダウンロードしコンパイルします

エラーになります

足りないライブラリを入れていきます

bzip2

このあたりを参考にMakefileを修正しておきます。CFLAGSに-fPICを追加します
makeします

Rのconfigを再開します。この際、オプションにライブラリのパスを入れます

またエラーです

xz

xzライブラリを入れます。

Rのconfigを再開

またエラー

pcre

pcreライブラリを入れる。ここで、UTF8を有効にしておきます

Rのconfigを再開

またエラーです

curl

Rのconfigを再開
成功しました

コンパイル

またエラー。。
これは使っているGCCとそのライブラリがずれていたためでした。
LD_LIBRARY_PATHに使っているGCCのライブラリパスを前の方に追加し再度make
これでOKです。

Rで株価データ取得

Rで株価データの取得のメモ
quantmodは素晴らしい!!

DOW

DowはYahoo.comから取得します。srcに”yahoo”をセット

デフォルトの名前では使いづらいので、必要なデータを別のデータフレームに入れて名前をつけます。

取得するデータはxts型ですので扱いやすいです

日本株

日本株はsrcにyahoojとYahooJapanを指定するだけです

shinyでデバッグプリントを出す方法

すぐ忘れるのでメモ

shinyとは

Rの軽量Webフレームワークshiny。Rで計算した結果をWebで簡単に表現できるので非常に便利です。

RStudioを使ってデバッグすればいいのでしょうが、サーバサイドでいきなりコーディングし、訳の分からないエラーが発生した時には非常に困ります。
簡単にデバッグする方法は以下のとおりです

ブラウザ

Chromeのメニューから「その他のツール」ー「デベロッパーツール」を選択します。
そのメニューからConsoleを表示させると、Javascriptでサーバ側のエラーを表示してくれます。
これは非常に便利。

デバッグプリント

ソースコード上にデバッグプリントを埋め込んで変数の内容を確認するには

こんな感じでserver.R上に記述します。これで /var/log/shiny-server以下のファイルに出力されます。

まとめ

Rはスクリプト言語なので、エラーになる直前までは普通に実行してくれますので、エラーとなる直前にデバッグプリントを仕込むと良いでしょう

Rのh2oでエラー対応法

H2Oパッケージを触っていてエラーが出たのでメモ

環境

  • ubuntu14.04
  • R-3.3.1
  • h2o-2.0.1

インストール

まずここを参考にインストールします

cmake

h2o

設定

起動

サンプル

ここのサンプルを実行してみます

ここでエラー発生

どうやら、h2oの仕様が変わったようです。こちらを参考に修正します

またまたエラー

仕様をみると、また変わっていました。以下のように修正します

続けます

これでうまく実行できました

終了

仕様がよく変わるので、メジャーバージョンアップ時は要注意です

Rでword2vec

こちらを参考にRでWord2Vecを実行してみたが、ちょっとハマったのでメモ

パッケージインストール

必要なパッケージをインストールします

データ作成

青空文庫から夏目漱石の三四郎をテストデータとします

UTF8へ文字コードを変換しておきます。ちなみにmecabはUTF8のものをインストールしておいてください

R実行

Rから実行します

threadsはCPU数−1あたりで設定します
これを実行すると

このようなエラーが出ます
この場合には気にせずRで

これで読み込み直してやります。

確認

ま、こんなもんです

ubuntu14.04へRの最新版をapt-getでインストール

ubuntu14.04にapt−getでインストールできるRのバージョンは3.0.2とちょっと古いです。
最新版をインストールするには以下のようにします

PROXY環境下の場合には

の環境変数を入れる必要があります

ここを参考にしました

RSRubyの使い方

よく忘れるのでメモ